Экспозиция временно размещается в здании «Зелёного» корпуса в «Морском» лагере.

Начало экспозиции музея положила коллекция образцов флотского минно-торпедного вооружения, переданная Лагерю в 1945-47 годах Черноморским флотом. В 1970 году на основе этой коллекции была оформлена постоянная экспозиция в полутоннеле под Площадью Мира (у Центрального стадиона). Вновь открытая 30 июня 1994 года после реконструкции экспозиция охватила все основные периоды истории флота.

В 2015 году началась реконструкция пространства под Площадью Мира и Музей был перенесён в «Морской» лагерь.


Экспозиция состоит из нескольких тематических разделов, повествующих о рождении и истории Российского флота, участии моряков-черноморцев в сражениях Великой Отечественной Войны, проведении подводно-водолазных работ и др...